Pada November 1955, Ketua Menteri Persekutuan Tanah Melayu , Tunku Abdul Rahman bertemu dengan beliau di Jakarta ketika hendak berunding dengan Presiden Sukarno. Ketika itu, Tunku Abdul Rahman baru sahaja dilantik sebagai Ketua Menteri setelah Perikatan menang 51 daripada 52 kerusi dalam pilihan raya yang pertama pada tahun 1955. Tunku yang menerima pendidikan Inggeris di London berasa selesa jika Tanah Melayu merdeka dalam Komanwel British. Ini dilihat sebagai neo-kolonialime kerana Ibrahim Yaakob mahu Tanah Melayu bergabung dengan Indonesia dalam Indonesia Raya.

Sukarno sendiri tidak senang dengan pendirian Tunku yang dilihat sebagai 'boneka' British sahaja. Dengan pelbagai pengaruh lain termasuk Aidid dan Subandrio - komunis, Sukarno melancarkan 'Ganyang Malaysia' pada 1965.